При въезде в Самарканд с севера, на высоких холмах располагается древнее городище Афрасиаб (VII-II века до н. э.). Причем интересно, что никакого города Афрасиаба на этом месте не было и в помине. Местные жители назвали это место, веря в легенду о существовании тут огромного города, основанного мифическим царем Турана – Афрасиабом. На самом же деле это городище домонгольского Самарканда. Именно здесь с VI века до н. э. вплоть до разрушения монголами в 1220 году протекала городская жизнь.

В середине VI в. до н.э. Согдиана вошла в состав персидской империи Ахеменидов, просуществовавшей до IV в, до н.э. и сокрушенной армией Александра Македонского. Его поход на Восток на несколько лет был задержан восстанием согдийцев, подавляя которое, Александр разрушил Мараканду. Возрождение Согдианы произошло при Селевкидах.До первой половины II в. до н.э. Согдиана была частью Греко-Бактрийского царства, а позже входила в конфедерацию княжеств Кангюй.

В первом тысячелетии н.э. Самарканд был одним из наиболее сильных княжеств Согда, прославленного успехами согдийцев в организации караванной торговли на Великом шелковом пути в IV-VIII вв.

В V-VI вв. Согд признал власть эфталитов, а в VI-VII вв. - Тюркского каганата.
В 30-е годы VII в. Согд подчинился Китайской династии Тан.
С середины VII в. конфедерацию княжеств Согда возглавил правитель Самарканда, носивший титул ишхида. В IX-X вв. Самарканд становится одним из главных культурных центров исламского Востока и первой столицей династии Саманидов. В западной части Афрасиаба обнаружены следы саманидского дворца с резными панелями.

В IX-X вв. площадь внутренней части города достигает 220 га. К югу от него размещался пригород с базарами, мечетями, банями и караван-сараями. Город имел свинцовый водопровод. Широкое развитие получило производство китайской бумаги, вдоль Сиаба возникло множество мастерских, использовавших энергию водяных мельниц.

Афросиаб В XI-XIII вв. Самарканд стал столицей государства западных Караханидов и был окружен новыми защитными стенами. В цитадели был возведен дворец Караханидов. Культовое значение приобрело погребение Кусама ибн Аббаса, над которым возведен мавзолей.