Снаружи и внутри это медресе украшено яркими орнаментами из глазурованного кирпича, стены и башни усеяны мозаиками с различными узорами из вьющихся цветов, и цитатами из Корана на арабском языке. Однако часть отделки безвозвратно потеряна, хотя ученые, историки и реставраторы пытаются вернуть Медресе Шер-Дор первозданный вид.

По архитектуре медресе практически повторяет медресе Улугбека, то есть имеет квадратную форму с внутренним двором, худжры (кельи) для студентов и две аудитории для занятий. Во времена своего возведения, в XVII веке, Медресе можно было считать одним из самых современных: при строительстве были использованы самые последние архитектурные новинки тех лет. К тому же, столь огромное здание имеет ряд конструктивных особенностей, которые ставят его в ряд самых лучших архитектурных памятников Самарканда.

Медресе Шер-дор за свою историю неоднократно реставрировалось, самые крупные работы проводились в начале ХХ века советскими архитекторами, одним из которых был всемирно известный В.Г. Шухов. И сегодня, этот памятник самаркандской архитектуры является одной из главных достопримечательностей города. А в 2001 году медресе Шер-дор было занесено в список мирового наследия ЮНЕСКО.