Убайдулла Ахрар - великим мастер суфизма, руководитель Мусульманского духовенства и потомок пророка Мухаммада, готовясь к переезду, приказал построить большую пятничную мечеть и медресе в древней ташкентской махалле Гульбазар. В местных легендах утверждают, что денежные средства на строительство Убайдулла выручил от продажи "ниточек-обрезков", которые остаются после разреза ткани на стандартные куски.

Фундамент мечети был заложен ещё в IX в., после арабского завоевания древнего, зороастрийского Ташкента, который тогда назывался Чач. Город лежал в развалинах. Пришельцы-арабы даже имени его не могли правильно произнести. В их языке не было звука «ч», и название плодородной долины Чирчика они исказили в слово «аш-Шаш».
Мечеть Ходжа Ахрар Вали была выстроена в виде 15-метрового куба, символизирующего священную Каабу, с куполом и открытым на восточную сторону арочным перекрытием. В дореволюционном Ташкенте с его невысокими одно- и двухэтажными постройками, мечеть Ходжи Ахрара Вали была самым высоким строением, с которого просматривался весь город.

Здание джума-мечети, как и все мусульманские мечети, было ориентировано по сторонам света и обращено в сторону Мекки (юго-западное направление из Ташкента). Издревле считается, что если не следовать данному правилу постройки, молитвы верующих не дойдут до Аллаха. Внутри куба мечети находился михраб и место для имама.

Также, внутри джума-мечети были построены сводчатые галереи с кельями вокруг длинного двора, тахоратхона – место, где мусульмане совершают омовение перед молитвой. Отделка мечети была простой без богатых украшений, дабы ничто не отвлекало правоверного мусульманина от молитвы. По той же причине, в мечеть не допускали женщин, которые имели право посещать только кладбище и общались не с имамом, а с шейхом.